Переулок находится совсем в другом районе города, нежели другие «Аптекарские» топонимы, он идёт от Миллионной улицы до набережной реки Мойки.

Источник фото - http://rasfokus.ru/images/photos/medium/3bd55204562e420d0d81403a58d96a5f.jpg

Название возникло в 1776 году и связано с тем, что в угловом доме № 1/4 располагалась Главная аптека. Здание аптеки построено в 1720-е годы и перестроено в 1796 году по проекту Джакомо Кваренги. С тех пор его облик не менялся.В 1817 году к переулку присоединили выходивший к Неве Бестужев переулок, вновь выделенный 16 апреля 1887 года, но уже как Мраморный.