Переулок проходит от Большого Сампсониевского проспекта в направлении Зеленкова переулка. Наименование известно с 1798 года, первоначально как Бастидонтин переулок и происходит от фамилии домовладелицы Матроны Дмитриевны Бастидоновой (Бастидон, 1734–1805). Тогда переулок был длиннее и доходил до Зеленкова переулка. Современная форма впервые появляется в 1849 году.

Переулок на плане 1913 года (фрагмент).

15 декабря 1952 года переулок был переименован в Конотопский, в память об освобождении города Конотопа Сумской области от фашистских захватчиков в 1943 году, а 6 октября 1975-го упразднён, тогда же исчез и участок у Зеленкова переулка. Историческое имя и статус городского проезда возвращены 20 июля 2010 года.